腸病毒屬於小RNA病毒科（Picornaviridae），為一群病毒的總稱，在1997年以前，已知而被分類的腸病毒共有小兒麻痺病毒（Poliovirus）共3型（1至3型）、克沙奇病毒（Coxsackievirus），含23種A型（A1至A22型，A24型）及6種B型（B1-B6型）、伊科病毒（Echovirus）共30型（1至33型，但8、10及28型除外）及腸病毒（Enterovirus）（68型〜）等60餘型，近年來又陸續發現多種型別，依據基因序列分析結果將之重新歸類，分為人類腸病毒A、B、C、D（Human enterovirus A、B、C、D）型，其中腸病毒71型被歸類於人類腸病毒A型。