目前並沒有治療腸病毒的特效藥，一般都是針對發生的症狀，採取對症療法。另有一些藥廠發展出可以抑制腸病毒的藥物，其作用機制大多是抑制腸病毒對於人類細胞的感染能力，但這些藥物都還在初期的試驗階段，尤其是對於人體的安全性都還沒有經過適當的評估，所以還無法使用。